Loefhit's Weblog

Kelebihan dan Kekurangan dari Metode Komputerisasi dan Metode Eksperimental dalam Menganalisis Sekuen Genom.

A1-6171 — Fri, 31 Oct 2008 04:38:56 +0000

Beberapa metode yang dapat digunakan untuk mengetahui lokasi gen antara lain dengan cara pengamatan langsung (mata telanjang), dengan bantuan komputer dan secara eksperimental. Metode dengan pengamatan langsung dilakukan dengan melihat secara tekstual yang mengacu pada ciri-ciri suatu gen, dimana gen mempunyai fitur khusus yang dapat digunakan sebagai pembeda antara gen dan bukan gen.
Metode Analisis Komputer
Metode ini digunakan untuk melihat fitur sekuen khusus yang berhubungan dengan gen, metode tersebut juga dapat digunakan untuk mengetahui lokasi gen menggunakan analisis eksperimen dari sekuen gen. Metode komputer ini merupakan bagian dari metodologi bioinformatika. Macam dari metode dengan menggunakan computer antara lain adalah Open Reading Frame (ORF), searching (pencarian langsung).
Mekanisme kerja dari ORF dimulai dengan kodon inisiasi (ATG) dan diakhiri dengan kodon terminasi (TAA, TAG, dan TGA). ORF bekerja efektif pada genome bakteri tetapi kurang efektif pada genom eukariot tingkat tinggi. Hal ini disebabkan karena pada genome eukariot tingkat tinggi genomenya terdiri dari intron dan intergenic genome. Sehingga rawan dengan kesalahan dalam membaca gen, karena dalam gen eukariot masih terdapat intron. Sedangkan pada genome prokariot tidak terdapat intron, sehingga mudah untuk dibaca. Tetapi dengan menggunakan ORF semua rangka baca dari DNA dapat dibaca seluruhnya.
Analisis sekuen gen menggunakan pencarian langsung gen yang sama (homology searching) dilakukan dengan cara mengakses langsung menggunakan program software yang sudah ada. Tetapi belum semua gen tersimpan dalam data base software, sehingga ketika ditemukan macam gen baru maka tidak akan berhasil menemukan gen yang dimaksud. Kelebihan dari analisis ini adalah pengguna diberikan kemudahan dan waktunya singkat.

Metode Eksperimen
Metode ini tidak didasarkan pada pengujian langsung DNA tetapi berdasarkan pada RNA yang telah ditranskrip dari gen, dan mempunyai keakuratan yang lebih tinggi dibandingkan dengan metode komputerisasi. Teknik ini dapat memetakan sekuen yang ditranskripsi pada fragmen DNA yang dapat digunakan untuk menentukan lokasi ekson dan seluruh gen. Tetapi masalahnya hasil transkripsi lebih panjang dari pada daerah gen yang dikode. Analisis transkripsi tidak memberikan definisi yang tepat pada awal dan akhir dari daerah gen yang dikode, tetapi cara ini hanya bisa mengetahui tentang keberadaan suatu gen., Metode ini dapat dilakuakan dengan beberapa cara, yaitu:
1.Hybridisasi
Hybridisasi merupakan cara yang sederhana untuk mempelajari sekuen yang ditranskripsikan Hybridisasi tidak akan berhasil jika probnya tidak cocok. Macam hybridisasi antara lain northern blotting dengan RNA sebagai targetnya, Southern blotting (DNA sebagai target) dan western blotting. Southern blotting dan Northern blotting digunakan untuk mendeteksi keberadaan sekuens tertentu tetapi tidak dilakukan langsung pada klon-klon rekombinannya. Skrining didasarkan atas hasil hibridisasi antara molekul asam nukleat dan pelacaknya pada gel agarosa. Hibridisasi northern tidak dapat digunakan pada gen yang termasuk famili multigen
2.cDNA
Sekuensi cDNA memungkinkan gen dapat dipetakan ke dalam fragmen DNA.cDNA merupakan kopian dari mRNA sehingga cocok untuk mengkode daerah dari suatu gen. Klon-klon cDNA dapat digunakan untuk menghibridisasi mRNA yang diisolasi.
3.Pemetaan secara teliti, dan
4.Batasan antara exon dan intron. Cara ini dapat dilakukan dengan analisis heteroduplek

Daftar Pustaka

Brown, T. A. 2002. Genomes, Second Editions. John Wiley and Sons Inc., New York.

Diakses 20 Oktober 2008 Pukul 20.00 WIB

Situs Terkait
http://images.google.co.id/imgres?imgurl=http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/Theory/Translation/ribosome3.jpg&imgrefurl=http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/Theory/Translation/translation.htm&h=363&w=643&sz=37&hl=id&start=15&um=1&usg=__KfuGcqsOlQiII8PHDNiBWHFqjsY=&tbnid=QnyDuJrzSJYSoM:&tbnh=77&tbnw=137&prev=/images%3Fq%3DOpen%2BReading%2BFrame%255Bflash%255D%26um%3D1%26hl%3Did%26sa%3DG

http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/seq_anal/translation/translation.html

http://www.appliedbiosystems.com/support/tutorials/annotation/annotation_121502.swf

Diakses 30 Oktober 2008 pukul 21.00WIB

Istilah DNA Satelit dan Perbedaannya Dengan Istilah Minisatelit dan Mikrosatelit

A1-6171 — Thu, 25 Sep 2008 23:48:41 +0000

Nama: Nur Lu’lu Fitriyani
NIM : B1J006171
Kelas : A1
Email : loef_cinta@yahoo.com
Blog : http//:loefhit.wordpress.com
File : A1-AG11
Ringkasan
DNA satelit merupakan DNA yang berulang secara berurutan dengan panjang setiap unit mulai < 5 to > 200 bp. DNA satelit dapat dibedakan menjadi Minisatelit dan Mikrosatelit. Perbedaan antara minisatelit dan mikrosatelit dapat terlihat pada ukurannya. Manisatelit membentuk kelompok sepanjang 20 kb, dengan pengulangan unit 25 bp, sedangkan mikrosatelit membentuk kelompok yang lebih pendek biasanya < 150 bp dan pengulangan sebanyak 13 bp atau kurang.

Gambar 1. satelit DNA
Sumber: http://tbn0.google.com/images?q=tbn:68GIVMB31BF28M:http://www.nature.com/nrg/journal/v2/n1/images/nrg0101_004b_i1.jpg
Minisatelit
DNA minisatelit merupakan tipe kedua DNA repetitif yang sudah sangat familiar karena asosiasinya dengan kromosom. Salah satu contoh minisatelit adalah DNA telomerik pada manusia, yang terdiri dari ratusan kopian 5’-TTAGGG-3’.
DNA telomerik mempunyai peran penting pada replikasi DNA. Selain itu Minisatelit telomerik beberapa genome eukariot juga tersusun oleh kelompok DNA minisatelit, meskipun tidak semuanya, terletak didekat ujung kromosom. Fungsi dari sekuen minisatelit lainnya belum diketahui.

Gambar 2. DNA Minisatelit
Sumber: encyclopedia.jrank.org/Cambrige/entries/image
Mikrosatelit
Fungsi mikrosatelit belum dapat diketahui. Jenis mikrosatelit tertentu terdiri dari 1-, 2-, 3-,atau 4- unit bp yang diulang 10-20 kali, seperti pada mikrosatelit dalam lokus reseptor sel-T β manusia.

Gambar 3. DNA Mikrosatelit
Sumber: : http://www.genetics.cf.adfg.state.ak.us/techfac/microsatellites.php
Walaupun fungsi mikrosatelit belum diketahui, tetapi mempunyai peran penting bagi ahli genetik. Salah satunya adalah untuk mengetahui hubungan kekeluargaan dan afinitas populasi. Banyak mikrosatelit bervariasi, yang berarti bahwa jumlah unit yang berulang dalam satu kesatuan berbeda untuk setiap spesies karena terjadi “keselipan” selama replikasi DNA pada saat mikrosatelit dikopi, yang menyebabkan insersi atau delesi. Tidak ada dua manusia yang mempunyai kombinasi variasi panjang mikrosatelit yang sama persis. Satu-satunya pengecualian adalah kembar identik genetik. Pemprofilan genetik dikenal dalam ilmu forensik, tetapi identifikasi kriminal merupakan aplikasi variabilitas mikrosatelit yang mudah. Metodologi yang lebih rumit membuat penggunaan fakta bahwa profil genetik setiap orang diwariskan sebagian dari ayah dan sebagian dari ibu.

Daftar Pustaka
Brown, T. A. 2002. Genomes, Second Editions. John Wiley and Sons Inc., New York.
Diakses 24 September 2008 Pukul 20.30 WIB
Situs Terkait
http://tbn0.google.com/images?q=tbn:68GIVMB31BF28M:http://www.nature.com/nrg/journal/v2/n1/images/nrg0101_004b_i1.jpg
encyclopedia.jrank.org/…/DNA-profiling.html

http://www.genetics.cf.adfg.state.ak.us/techfac/microsatellites.php

Diakses 26 September 2008 Pukul 06.00 WIB

my beLoVEd fAMilY

A1-6171 — Sun, 25 May 2008 05:48:42 +0000

hanya ada satu kata yang bisa ku ucapkan untuk kluargaku….

dan kata itu slalu ada dihatiku setiap saat, setiap hela nafasku…,

I LOVE U so much….!!!

Abah, Ibu, Mas, Mba n ponakanku tersayang…,

Pengaruh Metabolit Sekunder Rhizobacter Terhadap Pertumbuhan Fungi dan Arabidopsis thaliana

A1-6171 — Thu, 22 May 2008 09:05:02 +0000

Bakteri tanah biasanya memunculkan sifat yang membuat mereka dapat bertindak antagonis dengan menekan penyakit tanaman di dalam tanah, misalnya dengan menghasilkan antifungi secara langsung ataupun tidak langsung yang akan mendorong pertumbuhan tanaman. Hasil metabolit sekunder dari Stenotophomonas, Serratia dan Bacillus sp. dapat menghambat perumbuhan mycelia pada sebagian besar fungi dan Arabidopsis thaliana yaitu sekitar 40-98%. Hasil metabolit pada Pseudomonas sp. dan Burkholderia cepacia dapat menghambat pertumbuhan pada tingkat yang lebih rendah (di bawah 40%). Aspergillus niger dan Fusarium sp. termasuk yang resisten terhadap hasil metabolit sekunder ini. Sedangkan hasil metabolit sekunder dari B. cepacia dan Staphylococcus epidermidis dapat mendorong pertumbuhan Rhizoctonia solani dan A. thaliana. Hasil metabolit sekunder dari bakteri akan menyediakan sumber baru yang mengandung antibiotik dan fitur yang mendorong pertumbuhan.

Nama : Nur Lu’lu Fitriyani
NIM : B1J006171
E_mail : loef_cinta@yahoo.com
Blog : http://loefhit.wordpress.com

Referensi:

Anja Vespermann, Marco Kai, and Birgit Piechulla
Rhizobacterial Volatiles Affect the Growth of Fungi and Arabidopsis thaliana
Appl. Envir. Microbiol. 2007 73: 5639-5641. [Abstract] [Full Text] [PDF]

Hello world!

A1-6171 — Sun, 23 Mar 2008 04:14:17 +0000

Welcome to WordPress.com. This is your first post. Edit or delete it and start blogging!